O Coronel Psicólogo Paulo José Margalho Costa Alves nasceu em 18 de setembro de 1964, no Montijo, distrito de Setúbal. Foi incorporado na Base Aérea n.º 2, na Ota, em 1 de junho de 1983, com destino à especialidade de Técnico de Operações de Comunicações e Criptografia (TOCC).
Colocado no Comando Operacional da Força Aérea desempenhou a função de Oficial Supervisor do Centro de Comunicações até 1986.
Entre setembro de 1986 e maio de 1988 frequentou o Curso de Formação de Oficiais do Quadro Permanente, no Centro de Instrução n.º 2 (CI 2), na Base Aérea n.º 2, na Ota, tendo sido promovido a Alferes em maio de 1988.
Posteriormente foi colocado na Esquadra de Deteção e Conduta da Intercepção n.º11 – Montejunto, onde Chefiou o Centro de Comunicações até fevereiro de 1993.
Frequentou o Curso Básico de Comando no Instituto de Altos Estudos da Força Aérea (IAEFA), em Sintra, de novembro de 1990 a fevereiro de 1991, tendo sido promovido a Capitão em maio de 1992.
Colocado no Centro de Formação Militar e Técnica da Força Aérea exerce as funções de Comandante da Esquadrilha de Comunicações e Tráfego Aéreo, em acumulação com o cargo de Delegado do Núcleo de Comunicações e Criptografia, tendo sido colocado em setembro de 1998 no Grupo de Apoio do Estado-Maior da Força Aérea (EMFA) como Chefe do Centro de Comunicações, até outubro de 2000.
De outubro de 1999 a junho de 2000, frequentou o Curso Geral de Guerra Aérea, no IAEFA.
Foi colocado na 2ª Divisão do EMFA em novembro de 2000 desempenhando o cargo de Chefe da Repartição de Segurança Interna.
Em junho de 2001 é promovido a Major.
É colocado na Divisão de Comunicações e Sistemas de Informação, do EMFA, de 2007 a 2014, vindo a assumir a chefia da Repartição de Segurança da Informação.
Foi promovido a Tenente-Coronel em janeiro de 2008.
Em outubro de 2014 foi colocado na Inspeção-Geral da Defesa Nacional como Auditor.
Foi promovido a Coronel em dezembro de 2015.
Em maio de 2016 é reclassificado na especialidade de Psicólogo, assumindo a Direção do Centro de Psicologia da Força Aérea no dia 25 de maio de 2016.
Da sua folha de serviço constam diversos louvores e condecorações, das quais se destacam as medalhas de Mérito Militar de 2ª Classe, a Medalha de Mérito Aeronáutico de 2ª Classe e a Medalha de Comportamento Exemplar, Grau Ouro.
O Coronel Paulo Alves é casado, tem dois filhos e duas enteadas.