O Coronel José Nogueira nasceu na Cidade do Porto em 1 de outubro de 1963; ingressou na Força Aérea em setembro de 1983 no Curso de Pilotagem, frequentou o Curso de Navegadores em 1985 e concluiu o Curso de Oficiais Navegadores do Quadro Permanente em 1989.

Como aviador qualificado foi Navegador, Coordenador Tático, Instrutor de Voo e Comandante de Missão tendo totalizado cerca de 7000 horas de voo, sendo que a distribuição do esforço de voo incidiu principalmente nas aeronaves P-3P Oríon e E-3A AWACS. O espectro das tipologias dos voos efetuados vai desde as missões de interesse público como a Busca e Salvamento e a Vigilância Marítima até às missões estritamente militares em contexto real de que são exemplo as funções de “Battle Manager” no Afeganistão.

Como tripulante operacional participou em inúmeros Exercícios Combinados e Conjuntos, de que se relevam os mais emblemáticos:
• “Open Gate”, “Open Seas”, “Ocean Safari”, “Joint Maritime Combat Course”, “Dogfish”, “Noble Manta”, “TAPON”, “KEFTACEX”, “Linked Seas”, “Daring Eagle”, “Strong Resolve”, “Red Flag Alaska”, “Tactical Leadership Program”, “Artic Challenge”, “Anatolian Eagle”, “Trident Juncture”, “Real Thaw” e “BALTOPS”.
Também, na mesma qualidade, participou nas Operações NATO:
• “Maritime Monitor”, “Maritime Guard”, “Sharp Guard”, “Decisive Enhancement” e “Determined Guard” nos Balcãs;
• “Active Endeavor” no Mediterrâneo;
• “Assurance Measures” e “Air Policing” no Norte e Leste da Europa;
• “ISAF” no Afeganistão.

De 1989 a 2004, o Coronel José Nogueira esteve colocado na Esquadra 601 “Lobos” na Base Aérea 6, Montijo, tendo ocupado vários cargos de que se destacam as chefias da Secção de Uniformização e Avaliação e da Secção de Planeamento Operacional. Nesta Unidade Aérea obteve as mais exigentes qualificações em voo e desempenhou as funções de Comandante Táctico (“On Scene Commander” e “Scene-of Action-Commander”) em inúmeras missões, de interesse público e estritamente militares, controlando vários meios de superfície, subsuperfície e aéreos.

No período de JUL92 a JAN96 integrou os destacamentos para aplicação das resoluções do Conselho de Segurança da ONU à Ex-Jugoslávia tendo realizado cerca de 172 missões operacionais sob a égide da NATO.

Em 1997 elaborou e propôs ao Comando Operacional da Força Aérea (COFA) o Plano de Vigilância Marítima do Espaço Estratégico de Interesse Nacional Permanente, o qual foi aprovado e ainda se encontra em vigor.

Ainda em 1997, no quadro da aquisição de qualificações e competências na largada de armamento em aeronaves P-3P Oríon pela Esquadra 601, o Coronel José Nogueira, em conformidade com a visão dos escalões superiores e dando continuidade ao trabalho encetado pelos Coordenadores Táticos, seus predecessores, preparou e liderou a primeira tripulação que, em Portugal, lançou um torpedo MK-46 de uma aeronave.

Em 1998 fez parte do esforço da Força Aérea que, em conjunto com a Marinha, levou a cabo uma operação de resposta à crise da Guiné-Bissau.

Em 2001 foi nomeado pelo Comando Operacional da Força Aérea (COFA) “Combat Search and Rescue Airborne Mission Commander” (CSAR AMC) com a responsabilidade do desenho das missões de treino de Busca e Salvamento em Combate tendo os conceitos sido aplicados e testados, com sucesso, no Exercício “Daring Eagle 2002”, com a participação de forças portuguesas, americanas, belgas, holandesas e espanholas.

Em 2004 foi colocado no Centro de Apoio à Missão (CAM), na Base Aérea 6, Montijo, tendo sido “Oficial de Operações” e Chefe da referida subunidade.
Ainda nesse ano, o Coronel José Nogueira integrou a primeira missão da Força Aérea de cooperação com a República de Cabo Verde e com a República da Guiné Bissau para a capacitação do exercício da soberania nas respetivas águas territoriais e Zonas Económicas Exclusivas.

Nos Exercícios da NATO, “Noble Marlin 2005” e “Noble Manta 2007”, por solicitação do Comando das Forças Navais e Aéreas da NATO no Mediterrâneo (COMARAIRMED), coordenou e supervisionou as equipas internacionais que controlavam os Exercícios (EXCON) e avaliou o desempenho operacional das tripulações de voo das nações participantes.

Como Chefe do CAM, em 2006, esteve envolvido no planeamento e execução do resgate de refugiados da Palestina e Síria por aeronaves C-130.
Em 2007 foi transferido para a Divisão de Planeamento Estratégico do EMGFA (DIPLAEM) onde foi o “NATO Desk Officer” nacional e o assessor do General Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas (CEMGFA) para as reuniões do Comité Militar; no âmbito das suas funções elaborava as pastas dos assuntos NATO e acompanhava o General CEMGFA nas reuniões de alto nível da NATO, da NATO com a Rússia (NATO-Russia Council),  e da Iniciativa 5+5.

Na DIPLAEM, como responsável dos assuntos conceptuais, o Coronel José Nogueira trabalhou diretamente no processo de transformação da NATO, na conceptualização das “NATO Response Forces” (NRF), na revisão do “Peace Establishment”, no desenho da “NATO Command Structure” e no desenvolvimento do Novo Conceito Estratégico da NATO.

Enquanto neste cargo, o Coronel José Nogueira integrou a delegação portuguesa para as reuniões da cooperação militar com a República Federativa do Brasil em S. Salvador e participou na 56ª Reunião dos Estados-Maiores Peninsulares.

De junho de 2012 até setembro de 2015 foi Diretor Tático na componente “Airborne Early Warning” da NATO (NAEW Component), na Alemanha, tendo sido:
• Diretor Tático Instrutor;
• Comandante de Missão nas aeronaves E-3A AWACS;
• Comandante de Missão no “Tactical Leadership Program” (TLP), Albacete;
• “Air Battle Manager” no Exercício “Artic Challenge 2013” onde controlou, diariamente, cerca de 70 aeronaves de combate; 
• “Battle Manager” no Afeganistão no âmbito da “International Security Assistance Force-Afghanistan” (ISAF);
• “Air Battle Manager” no Ártico, Báltico e Mar Negro no âmbito das medidas implementadas para a preservação da integridade do espaço aéreo dos países da NATO, vulgarmente conhecidas como “Assurance Measures” e “Air Policing”;
• Comandante de Forças nas Bases avançadas da NATO localizadas em Oerland na Noruega; Konya na Turquia, Trapani na Itália e Preveza na Grécia;
• “Force Element Commander”, “Mission Commander” e “Air Battle Manager” no  Exercício “Red Flag Alaska 2014”.

Em outubro de 2015 assumiu as funções de Comandante do Grupo Operacional na Base Aérea 4 (BA4), sita nas Lajes, Ilha Terceira dos Açores.

De 27 de novembro de 2016 a 27 de maio de 2017 foi, em regime de rotatividade, Comandante da Força Nacional Destacada (FND) no Mali no âmbito da missão da ONU (MINUSMA) para a estabilização daquele país.

De novembro de 2017 até 30 de setembro de 2018 foi o Chefe do Estado-Maior do Comando da Zona Aérea dos Açores (CZAA). Neste cargo representou a Força Aérea na Comissão Técnica Portugal-EUA no âmbito do Acordo de Cooperação e Defesa entre os dois países.

Também em novembro de 2017, foi nomeado o responsável do CZAA/BA4 no processo da certificação da infraestrutura aeronáutica da Base Aérea 4 para a utilização permanente pela aviação civil com enfoque na documentação, planos e procedimentos. Consequentemente, desenhou, planeou e dirigiu o Exercício à Escala Total, necessário para a certificação pela Autoridade Nacional da Aviação Civil (ANAC), formalizada a 23 de julho de 2018.

Por nomeação de S. Exa. o General CEMFA, o Coronel José Nogueira é, desde o passado dia 4 de julho, o representante do Estado-Maior da Força Aérea na comissão de implementação do “Centro para a Defesa do Atlântico” sob a tutela de S. Exa. o Ministro da Defesa Nacional.

O Coronel José Nogueira assumiu o comando do Aeródromo de Manobra nº1, em Maceda, Ovar a 11 de outubro de 2018.

Para além de vários cursos frequentados em Instituições militares e civis, nacionais e estrangeiras, de que se destacam o Curso de Comando, o Curso Geral de Guerra Aérea no Instituto de Altos Estudos da Força Aérea, o Curso de Controlador Tático Avançado (FAC) na Força Aérea, o Curso de Tácticas e Operacões Navais na Marinha, três Cursos de Combate Aeronaval (JMC) em Ambiente Combinado Conjunto da Royal Air Force na Escócia, o Curso de Guerra da Royal Navy em Inglaterra, o Curso de Organizações Internacionais no NATO Defense College em Roma, o Curso de Diretor Tático da NATO na NATO AEW Component, Alemanha, os Cursos de Oficial de Estado-Maior da NATO e Intelligence Strategical Level na NATO School na Alemanha, o Coronel José Nogueira tem o Curso de Mestrado em “Estudos da Paz e da Guerra nas Novas Relações Internacionais”.

Na qualidade de Oficial de Estado-Maior do EMGFA, entre 2007 e 2012, foi convidado do Instituto de Estudos Superiores Militares (IESM) para realizar palestras sobre a NATO aos Cursos de Promoção a Oficial Superior e para colaborar como arguente em dissertações sobre temáticas da NATO e de Estratégia. Neste domínio de conhecimentos e conteúdos colaborou com a Academia da Força Aérea no primeiro "Erasmus Militar" da União Europeia em 2009 e com o Instituto da Defesa Nacional (IDN) no Curso de Defesa para Jovens em 2010. Em 2016 e 2018 foi conferencista no Curso Intensivo de Segurança e Defesa (CISEDE) do IDN nos Açores.

O Coronel José Nogueira é casado com Paula Nogueira e tem dois filhos, o Hugo Nogueira e o João Pedro Nogueira.