O Coronel Joaquim Marques Martins nasceu na Freguesia de Safurdão, Concelho de Pinhel e Distrito da Guarda, em 27 de junho de 1959. Frequentou os Seminários de Beja e Évora, onde conclui o curso de Teologia no ano de 1987. Foi ordenado Diácono a 8 de dezembro de 1986 e Presbítero em 28 de junho de 1987.

Ingressou na Academia Militar em 05 de setembro de 1988, como Aspirante a Oficial, tendo cumprido o SEN no Exército e transitou para a Força Aérea em 21 de julho de 1994, tendo sido colocado, como Capelão, na Base Aérea Nº 11 - Beja, acumulando com a capelania do Regimento de Infantaria Nº 3. Como Capelão, participou na missão da ONU -  PEACE KEEPING FORCE - em  Timor, no período de 3 de outubro de 2001 a 9 de julho de 2002.

Em 01 de outubro de 2002 assumiu funções na Guarda Nacional Republicana (GNR), como Capelão da Unidade de Intervenção e Unidade de Serviços e Honras de Estado. Ao serviço da GNR participou e apoiou os contingentes destacados no Iraque, Bósnia e Herzegovina e em Timor.

Foi promovido ao atual posto e nomeado Capelão Adjunto para a Força Aérea em 31 de agosto de 2012, passando a exercer a chefia do Centro de Assistência Religiosa e Reitor da igreja da Força Aérea, em acumulação com a Capelania do Comando Aéreo (CA) e Aeródromo de Trânsito nº 1 (AT1).

Na sua folha de serviço constam vários louvores e condecorações nacionais, nomeadamente a Medalha de Prata de Serviços Distintos, a Medalha de Mérito Militar de 2ª Classe, a Medalha da Cruz de São Jorge 3ª Classe e as Medalhas de Cobre e Prata de Comportamento Exemplar.

O Coronel Joaquim Martins é solteiro e não tem filhos.