O Tenente-General, Piloto-Aviador, Manuel Fernando Rafael Martins, casado, com dois filhos, é natural de Alcaravela, Concelho de Sardoal.
Ingressou na Força Aérea, como Oficial Miliciano, em janeiro de 1979 e na Academia da Força Aérea (AFA) em 1980. Concluiu o curso de Pilotagem na Base Aérea de Reese, Texas, USA, em dezembro de 1985, tendo para o efeito voado nas aeronaves Chipmunk, T-41, T-37, T-38.
Em 1986 foi colocado na Base Aérea N.º 5 (BA5), Monte Real, para operar o A-7P Corsair na Esquadra 302 – "Falcões".
Desempenhou várias funções e foi designado Piloto de Demonstração de Performance do A-7P. Foi Piloto Instrutor e Comandante de Esquadra em Voo, tendo acumulado cerca de 1400 horas de voo em aeronaves de alta performance.
Após o Curso de Promoção a Oficial Superior, então designado Curso Geral de Guerra Aérea, foi colocado na AFA como docente e Diretor dos Cursos de Pilotagem Aeronáutica.
Durante esta colocação frequentou o Mestrado em Estratégia, no Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas de Lisboa, tendo alcançado o grau académico de Mestre.
Posteriormente foi nomeado para comandar a Esquadra de Voo caça/combate Esquadra 304 na BA5.
Em 1997 viria a ser nomeado para a Comissão de Serviço na Base Aérea NATO em Geilenkirchen – Alemanha, como piloto de AWACS/Boeing 707.
Durante a referida comissão participou em operações reais de apoio à paz, na Bósnia e Kosovo – Operação Allied Force – e nas operações aéreas pós 11 de Setembro na Operação Enduring Freedom, como Piloto Comandante da aeronave AWACS.
Comandou a Unidade Nacional de Apoio (NSUPO) e vários destacamentos da Componente NAEW, tendo acumulado cerca de 1500 horas em Boeing 707.
Regressou a Portugal em março de 2002, tendo sido colocado no Gabinete de Prevenção de Acidentes da Inspeção-Geral da Força Aérea (IGFA), para a Chefia da Área de Segurança de Voo, até 2006.
Durante este período foi o elemento coordenador da Comissão Central de Investigação (COCINV), representante nacional “Air Forces Flight Safety Committee – Europe”, tendo participado e coordenado, ativa e intensamente, na investigação de cinco acidentes com aeronaves.
Integraria ainda o grupo coordenador para a implementação do programa CISM “Critical Incident Stress Management” na FA, exercendo, em simultâneo, funções de docência na AFA no domínio da Prevenção e Investigação de Acidentes – Segurança de Voo.
Em 2003 foi qualificado Instrutor de “Crew Resource Management” no Reino Unido. Em novembro de 2005 obteve a qualificação de “Enqueteur Technique D’Accident D’Aviation” pelo “Institut Français de Securité Aerienne – IFSA”.
Desempenhou as funções de Diretor do Curso de Promoção a Oficial Superior da Força Aérea no Instituto de Estudos Superiores Militares (IESM) de 2006 a 2008.
Foi Comandante da Base Aérea N.º 11 (BA11), Beja, entre 2008 e 2009, tendo qualificado na aeronave Alpha-jet. Após o comando seria nomeado Inspetor de Operações na IGFA.
Após o Curso de Promoção a Oficial General, foi Coordenador para a Área de Ensino de Operações no IESM, atual Instituto Universitário Militar (IUM).
Assumiu as funções de 2.º Comandante da AFA, de setembro de 2012 a dezembro 2013, data em que seria nomeado Sub-Chefe do Estado-Maior da Força Aérea e Chefe de Gabinete da Autoridade Aeronáutica Nacional em regime de acumulação, cargos que exerceu até à sua indigitação para Comandante da AFA, em outubro de 2016.
Em dezembro de 2017 foi promovido a Tenente-General e tomou posse como Comandante do Pessoal da Força Aérea.
Em janeiro de 2018 foi nomeado Secretário do Conselho Superior de Defesa Nacional, cargo que exerceu até março de 2021.
É autor de vários artigos publicados em revistas nacionais e estrangeiras e foi revisor científico do IUM.
Entre 15 de março de 2019 e 28 de outubro de 2020 exerceu funções de Comandante do IUM.
Em 13 de novembro de 2020 tomou posse como Vice-Chefe do Estado-Maior da Força Aérea, cargo que assumiu até 28 de março de 2022.
Em 2020 assumiu a copresidência da Comissão Aeronaval para as comemorações do Centenário da Travessia Aérea do Atlântico Sul.
Em março de 2022 transitou para a situação de reserva na efetividade de serviço, assumindo as funções de Presidente da Comissão Histórico-Cultural da Força Aérea.
A 07 de junho de 2023 assume o cargo de Diretor da Direção Histórico-Cultural da Força Aérea.
É condecorado com a Ordem do Infante D. Henrique no grau de Grande Oficial e com medalhas de Serviços Distintos, Mérito Militar, Mérito Aeronáutico da Força Aérea Portuguesa, Mérito Aeronáutico da Força Aérea Brasileira, Medalhas de Campanha NATO e Medalha de Comportamento Exemplar.