O Coronel Técnico de Pessoal e Apoio Administrativo João Pedro Afra Paes de Carvalho nasceu em Lisboa, na freguesia de S. Sebastião da Pedreira, no dia 14 de abril de 1962. Foi incorporado na Base Aérea n.º 2, na Ota, em 1 de junho de 1982 e, após a frequência do Curso de Oficiais Milicianos de Intendência e Contabilidade, foi colocado na Esquadra de Intendência da Base Aérea n.º 5, em março de 1983.
Promovido a Alferes Miliciano em julho de 1983, foi Chefe da Secção de Combustíveis de Aviação no período de março de 1983 a dezembro de 1985.
Entre dezembro de 1985 e setembro de 1987 desempenhou funções como Adjunto do Comandante de Esquadra de Administração no Aeródromo de Trânsito n.º 1.
Entre setembro de 1987 e maio de 1989 frequentou o Curso de Formação de Oficiais dos Quadros Permanentes (QP), especialidade Técnico de Pessoal e Apoio Administrativo, no Centro de Instrução n.º 2 – Base Aérea n.º 2, tendo ingressado nos QP, com o posto de Alferes em 20 de maio de 1989.
Entre maio de 1989 e maio de 2001 esteve colocado na Academia da Força Aérea. Neste período exerceu funções como Comandante da Esquadra de Pessoal, Chefe da Secção de Justiça, Chefe da Secretaria do Corpo de Alunos e treinador desportivo.
Frequentou o Curso Básico de Comando no Instituto de Altos Estudos da Força Aérea, em Sintra, de outubro a dezembro de 1993, tendo sido promovido a Capitão em maio de 1994.
Em maio de 2001 foi colocado na Direção de Pessoal, exercendo funções na Repartição de Pessoal Civil, como Chefe da Secção de Registos e Controlo de Dados até outubro de 2008.
De outubro de 2008 a maio de 2009, frequentou o Curso Geral de Guerra Aérea, no Instituto de Estudos Superiores Militares.
Após a conclusão do curso, regressou à Direção de Pessoal, foi promovido a Major, onde chefiou a Área de Estudos, Planeamento e Avaliação de Desempenho em acumulação com as funções de Adjunto do Chefe da Repartição de Pessoal Civil.
Entre outubro de 2011 e abril de 2012 desempenhou as funções de Team Leader em Kaia – Afeganistão.
Entre dezembro de 2012 e maio de 2013 desempenhou funções como Comandante de Esquadra de Pessoal na Base Aérea n.º 1.
Em maio de 2013 é colocado no Hospital das Forças Armadas onde desempenhou as funções de Chefe do Departamento de Recursos Humanos regressando à Força Aérea, depois de ter sido promovido a Tenente-Coronel em janeiro de 2015, para desempenhar as funções de Chefe de Repartição de Pessoal Civil desde novembro de 2015, tendo acumulado funções como Chefe da Repartição de Dados de setembro de 2016 a março de 2017.
Entre maio de 2017 e setembro de 2019 ainda na Direção de Pessoal desempenhou funções de Chefe de Repartição de Colocações.
Em dezembro de 2019 foi promovido ao posto de Coronel e colocado na Inspeção-Geral da Força Aérea a desempenhar funções de Inspetor de Pessoal até 12 de janeiro de 2022, data em que foi nomeado Chefe do Serviço de Ação Social.
Da sua folha de serviços constam diversos louvores, menções honrosas e as seguintes condecorações: Medalha de Prata de Serviços Distintos, as Medalhas de Mérito Militar de 2.ª e 3.ª Classe, a Medalha de S. Jorge de 2.ª Classe, as Medalhas de Ouro e Prata de Comportamento Exemplar, a Medalha NÃO ARTIGO 5 da NATO e a Medalha Comemorativa da Comissão dos Serviços Especiais.
O Coronel Paes de Carvalho é divorciado e tem uma filha.