O Sargento-Mor José João dos Santos Pereira nasceu em Sintra, em agosto de 1968.
Em setembro de 1989 ingressou na Força Aérea Portuguesa na Base Aérea N.º 3, em Tancos, para o cumprimento do Serviço Militar Obrigatório, tendo jurado bandeira a 27 de outubro de 1989.
Em 15 de dezembro de 1989 completou, na Base Aérea N.º 3, a Preparação Complementar e Técnica CFP/SEN AMA, tendo sido colocado na Academia da Força Aérea (AFA), onde passou a desempenhar funções na Secretaria do Comando da AFA.
Em 16 de setembro de 1991 iniciou o Curso de Formação de Sargentos do Quadro Permanente que terminou em 28 de julho de 1994 e após ter sido colocado na AFA, desempenhou funções na Esquadrilha de Pessoal da AFA. Passou a desempenhar funções de Adjunto do Chefe do Gabinete do Comando em janeiro de 1995, em acumulação com as funções de Delegado de Segurança em Terra.
Em 16 de outubro de 2017, foi colocado na Direção de Pessoal (DP), onde desempenhou funções na Avaliação do Mérito da Repartição de Carreiras e Promoções da DP.
Em 19 de fevereiro de 2018, colocado na Unidade de Apoio de Lisboa (UAL), desempenhou funções na Secretaria da UAL, em acumulação com o desempenho de funções no Gabinete do Comando da Unidade. Durante este período foi Porta-Estandarte da UAL.
Após a conclusão do Curso de Promoção a Sargento-Chefe, em julho de 2019, frequentou e concluiu o NCO Advanced Leadership, na NATO School, Oberammergau, Alemanha.
Mantém desde essa data a colaboração com o Curso de Promoção de Sargento-Chefe, onde, para além de palestras sobre Metodologia de Investigação e Gestão de Conflitos, se incluem diversas temáticas sobre a carreira dos Sargentos.
Promovido ao posto de Sargento-Chefe, em dezembro de 2019, foi colocado no Comando de Pessoal (CPESFA), onde desempenhou as funções de Chefe da Secretaria do CPESFA.
Em setembro de 2021, foi colocado no Gabinete do Adido de Defesa junto da Embaixada de Portugal em Paris, onde desempenhou as funções de Arquivista/Amanuense, funções que abrangem o apoio às Forças Armadas Portuguesas nas deslocações de militares e respetivos meios militares em França, em Itália, na Grécia e nos Países Baixos.
Em 01 de novembro de 2024, regressou ao CPESFA, onde passou a desempenhar as funções de Chefe de Secretaria. Na mesma data assumiu as funções de Membro por Inerência nos Conselhos de Especialidade, referente à especialidade de Secretariado e Apoio dos Serviços.
A 02 de janeiro de 2025, a convite de Sua Excelência o General Chefe do Estado-Maior da Força Aérea (CEMFA), assumiu as funções de Assessor do General CEMFA para a Categoria de Sargentos.
Da sua folha de serviço constam diversos Louvores e Menções Honrosas, tendo sido agraciado com as seguintes condecorações: Medalha de Serviços Distintos - Grau Prata, Medalha de Mérito Militar - 4.ª classe, Medalha de Mérito Aeronáutico - 4.ª classe e Medalha de Comportamento Exemplar – Grau Ouro.
É licenciado (Pré-Bolonha) em Arquitetura pela Universidade Lusíada de Lisboa. O Sargento-Mor José Pereira tem dois filhos, a Sara e o João.