O Major-General João Cartaxo Alves nasceu em Almada, em dezembro de 1962.

Em outubro de 1980 ingressou na Academia Militar no Curso de Ciências Militares Aeronáuticas.

Em dezembro de 1985 foi brevetado na Base Aérea N.º 1 em Sintra.

Em janeiro de 1986, foi colocado na Base Aérea N.º 5, em Monte Real, onde fez o Curso Complementar de Aeronaves de Combate, tripulando aviões T-33, na Esquadra 103.

Seguidamente foi colocado na Base Aérea N.º 3, em Tancos, onde fez o curso complementar em aviões multimotores no avião CASA C-212 (Aviocar), na Esquadra 111.

De 1986 até 1991 integrou a Esquadra de Transportes 502 na Base Aérea N.º 3, em Tancos, onde se qualificou no C-212, como Piloto Comandante, desempenhando, entre outras, as funções de Oficial de Informações e Guerra Eletrónica da Unidade.

Em janeiro de 1992, foi colocado na Esquadra 501, na Base Aérea nº6, no Montijo, onde foi qualificado no avião C-130H, como Piloto Comandante e Piloto Instrutor.

No ano letivo 1993/94 frequentou o Curso Geral de Guerra Aérea (CGGA) no Instituto de Altos Estudos da Força Aérea (IAEFA).

Após o curso, regressou à Base Aérea N.º 6, onde, em 1995, assumiu as funções de Oficial de Operações da Esquadra de Transporte 501.

Em setembro de 1997, passou a chefiar o Gabinete de Prevenção de Acidentes da Base Aérea N.º 6.

Em abril de 1998, foi nomeado Comandante da Esquadra de Transportes 501, cargo que ocupou até 2002. Neste período participou em várias missões Nacionais e NATO, nomeadamente, IFOR, SFOR, KFOR, UNTAET, Alba e ISAF.

Em junho de 2002 foi nomeado Comandante do Grupo Operacional 61 e, posteriormente, 2º Comandante da Base Aérea N.º 6.

De 2003 a 2004 desempenhou as funções de Chefe da Repartição de Planos (A5) do Comando Operacional da Força Aérea, em Monsanto, Lisboa.

Em agosto de 2004 foi nomeado para uma missão de serviço na NATO no RFAS (Reaction Force Air Staff), em Kalkar, onde exerceu as funções Air Policy Staff Officer.

Em 2005, com a criação do primeiro Centro de Excelência da NATO, foi nomeado para integrar o módulo inicial do JAPCC (Joint Air Power Competence Centre), onde exerceu as funções de responsável pela área do Transporte Aéreo.

Em agosto de 2007, já com o posto de Coronel, foi nomeado Chefe do Estado-Maior do Comando Operacional da Força Aérea.

Em setembro de 2008 foi nomeado Comandante da Base Aérea N.º 6, cargo que ocupou até outubro de 2010.

No ano letivo de 2010-2011, frequentou o Curso de Promoção a Oficial General (CPOG) no Instituto de Estudos Superiores Militares (IESM).

Após o curso, assumiu as funções de Diretor de Operações do Comando Aéreo e de Diretor de Operações do NATO Combined Air Operations Centre 10, em Monsanto, Lisboa.

Em janeiro de 2012 foi nomeado 2.º Comandante do Comando Aéreo.

Em novembro de 2012, com a reestruturação dos Comandos NATO e com a criação de um único CAOC para toda a região sul da NATO, foi graduado em Brigadeiro-general, a fim de integrar o módulo inicial do NATO Combined Air Operations Centre de Torrejon, em Madrid, onde exerceu as funções de Diretor de Operações.

Em outubro de 2014, com o posto de Major-general, foi nomeado Diretor de Instrução da Força Aérea.

Em julho de 2015 foi nomeado 2.º Comandante do Comando Aéreo, tendo desempenhado interinamente as funções de Comandante Aéreo desde fevereiro de 2016.

Em 6 de outubro de 2016 foi nomeado Chefe do Gabinete do Chefe do Estado-Maior da Força Aérea.

Ao longo da sua carreira acumulou mais de 8500 horas de voo em vários tipos de aeronaves.

Da sua folha de serviço constam vários louvores e condecorações, de que se destacam, uma Medalha de Ouro de Serviços Distintos (coletiva), uma Medalha de Ouro de Serviços Distintos, uma Medalha de Prata de Serviços Distintos, uma medalha de Mérito Aeronáutico, uma Cruz Naval, duas Medalhas de Mérito Militar (1.ª e 2.ª Classe), uma Medalha de Ouro de Comportamento Exemplar e a Grande Cruz de Mérito Aeronáutico com distintivo branco do Reino de Espanha.

O Major General Cartaxo Alves é casado e tem dois filhos.