O Major-General Piloto-Aviador João Filipe Bernardo Pereira nasceu em Lisboa no dia 19 de março de 1968.
Ingressou na Academia da Força Aérea em 1986, tendo efetuado o Curso de Pilotagem nos Estados Unidos da América – Undergraduate Pilot Training, em Columbus, Mississippi, nas aeronaves Cessna T-41, T-37 “Tweet” e T-38 “Talon”, entre setembro de 1990 e janeiro de 1992.
Regressado dos Estados Unidos frequentou o Curso Complementar de Pilotagem de Aviões de Combate na Base Aérea N.º11 (BA11), em Beja, na aeronave T-38, após a qual teve a primeira colocação como Piloto-Aviador em maio de 1992, na Base Aérea N.º5 (BA5), Monte Real, onde obteve a qualificação de piloto operacional na aeronave A-7P “Corsair”, na Esquadra 302 “Falcões”. Regressou novamente à BA11 em maio de 1993, onde voou como Piloto Instrutor na aeronave TB-30 “Epsilon” até maio de 1995, quando regressou novamente à BA5 para ingressar desta vez na Esquadra 201 “Falcões”, já a voar F-16OCU.
Como piloto operacional de F-16OCU “Fighting Falcon” alcançou todas as qualificações em voo até Comandante de Esquadra em Voo e Piloto Instrutor, tendo desempenhado as mais diversas funções na Esquadra 201 e de onde se destacam as participações na Operação Allied Force (1999), a operar a partir de Aviano, Itália e no exercício Red Flag, em Nellis, Estados Unidos da América (2000).
Em janeiro de 2002 foi nomeado para o programa de Pilot Exchange na Bélgica onde esteve colocado durante dois anos na Esquadra 349 “Maces”, na Base Aérea de Kleine-Broggel, a voar F-16MLU, tendo participado nas mais diversas missões e exercícios, de onde se destacam a participação numa avaliação da NATO (TACEVAL) em 2003, e a participação na primeira missão da NATO nos países bálticos, em abril de 2004 – Baltic Air Policing, em Siauliai, Lituânia. Imediatamente após esta missão, frequentou a curso Fighter Weapons Instructor Training (FWIT), em Leuwarden, Holanda e Orland, Noruega.
Regressado a Monte Real, foi colocado no Núcleo F-16MLU, para ajudar na preparação da futura esquadra, que viria a herdar as tradições e o simbolismo da Esquadra 301 “Jaguares”. Nesta esquadra exerceu as funções de Oficial de Operações e Comandante da Esquadra, tendo oportunidade de participar nos mais diversos exercícios e missões, de onde se destaca a primeira participação nacional no Baltic Air Policing, Lituânia, em dezembro de 2007.
Em setembro de 2008 assumiu o Comando do Grupo Operacional 51 (GO51), até setembro de 2010 quando foi colocado na Divisão de Operações do Estado-Maior da Força Aérea, onde exerceu as funções de Chefe da Repartição de Operações.
Em maio de 2012 foi nomeado para o cargo internacional na NATO Airborne Early Warning Component, Geilenkirchen, Alemanha, onde exerceu funções como Senior National Representative (SNR), Chefe da Divisão de Operações de Simuladores, e Piloto adido à Esquadra 3 “Eagles”, tendo-se qualificado na aeronave E-3A (AWACS) como Piloto Comandante e participado na Operação International Security Assistance Force (ISAF), a partir de Mazar-e-Sharif, Afeganistão, por duas ocasiões.
Após o seu regresso da Alemanha, em setembro de 2015, foi colocado no Estado-Maior da Força Aérea a exercer as funções de Chefe da Divisão de Operações até outubro de 2017, quando assumiu o Comando da Base Aérea N.º 5.
Em outubro de 2018 foi nomeado para o Curso de Promoção a Oficial General (CPOG), tendo sido colocado, após o seu término em julho de 2019, como Assessor do General Chefe do Estado-Maior da Força Aérea (CEMFA).
Em 23 de dezembro de 2019, foi promovido a Brigadeiro-General.
Em 30 de Janeiro de 2020, tomou posse como Comandante da Zona Aérea dos Açores (CZAA) onde desempenhou funções até 02 de fevereiro de 2022. Entre setembro de 2021 e fevereiro de 2022 desempenhou funções em acumulação com Diretor de Operações Aéreas (DOA) do Comando Aéreo (CA), onde se manteve até ao presente cargo.
Tomou posse como Diretor do Pessoal (DP) a 26 de julho de 2022.
O Major-General Piloto-Aviador João Pereira acumula cerca de 4000 horas de voo, das quais 2400 em F-16.